สอบถามเรื่อง ค้างๆ ของ server หน่อยคับ

สวัสดีคับ ผมอยากสอบถามเกี่ยวกับ server ubuntu คับ

มันมีอาการแบบค้างคับ ประมาณแล้วทุกครึ่งชั่วโมงจะมีการค้างเกิดขึ้น 2-3 นาที จะทำให้เว็บเข้าไม่ได้
หลังจากหายค้างก็จะเข้าได้ตามปรกติ ผมเลยเข้าไปดู process ของ phpmyadmin ได้ดังนี้คับ

แบบปรกติ


แบบมีอาการค้าง


spect server
ram 16 GB
my.cnf ##########

The MySQL server

[mysqld]
port = 3306
socket = /tmp/mysql.sock
character-set-server = latin1
skip-external-locking
key_buffer = 3072M
query_cache_size = 256M
max_allowed_packet = 8M
table_cache = 4096
sort_buffer_size = 16M
read_buffer_size = 16M
read_rnd_buffer_size = 64M
myisam_sort_buffer_size = 512M
thread_concurrency = 8
thread_cache = 1024
max_connections = 3000
max_connect_errors = 100
max_user_connections = 1000

[mysqldump]
quick
quote-names
max_allowed_packet = 128M

[mysql]
no-auto-rehash
####################

อยากสอบถามผู้รู้หน่อยคับว่า อาการค้างที่เกิดขึ้นเกิดจากอะไรคับ
แล้วควรจะต้องแก้ไขยังไงดีคับ